A Organização Mundial de Saúde (OMS) considera a transexualidade uma doença psíquica caracterizada pelo transtorno de identidade de gênero, sendo incluída no Código Internacional de Doenças (CID).
A Lei nº 8.080/1990 (Lei Orgânica da Saúde), em atenção ao previsto no art. 196 da Constituição Federal de 1988, dispôs sobre as condições para a promoção, proteção e recuperação da saúde, a organização e o funcionamento dos serviços correspondentes, e instituiu o Sistema Único de Saúde (SUS).
Com base nos princípios constitucionais do respeito à dignidade humana, à igualdade, à intimidade, à vida privada e à saúde, o Ministério Público Federal moveu Ação Civil Pública contra a União, distribuída em 13/08/2001, para determinar a obrigatoriedade do SUS incluir na sua tabela de procedimentos remunerados a cirurgia de transgenitalização ou mudança de sexo.
Em 29/08/2001, o Juiz da 4ª Vara Federal de Porto Alegre extinguiu o processo sem julgar o mérito. Entendeu o Magistrado que o Poder Judiciário não poderia legislar, que razões científicas impediam a procedência da ação, já que uma Resolução do Conselho Federal de Medicina considerava a cirurgia de transgenitalização de caráter experimental e que havia disposição administrativa pela inclusão da mencionada cirurgia no âmbito do SUS, a partir de Resolução pelo Conselho Federal de Medicina que alterou a condição desse procedimento. O MPF apelou.
A Terceira Turma do TRF da 4ª Região, ao julgar o processo 2001.71.00.026279-9 em 14/08/2007, acolheu o pedido do Ministério Público Federal, baseando-se no ponto de vista biomédico de que os distúrbios de identidade sexual poderiam gerar intenso sofrimento e graves riscos à vida e, conforme enfatizado no acórdão, no entendimento de que “a prestação de saúde requerida é de vital importância para a garantia da sobrevivência e de padrões mínimos de bem-estar dos indivíduos que dela necessitam”, sendo que “a não-inclusão dos procedimentos na tabela do SUS cria dificuldades concretas com impacto restritivo dos direitos fundamentais da liberdade, da não-discriminação, do livre desenvolvimento da personalidade, da privacidade e da dignidade humana”.