A “Fonte Missioneira” é um sítio arqueológico localizado próximo ao sítio de São Miguel Arcanjo (ou Ruínas de São Miguel – Patrimônio Histórico da Humanidade), na área urbana de São Miguel das Missões/RS. A área é considerada de preservação permanente.
A notícia de loteamento e tentativa de comercialização de terrenos no local motivou este processo judicial, ação civil pública interposta pelo Ministério Público Federal para proteger a área da Fonte Missioneira.
De 2000 a 2009 o processo tramitou na 1ª Vara Federal de Santo Ângelo, tendo passado um tempo em tramitação também na Justiça Estadual – Comarca de Santo Ângelo. Durante o período de tramitação, muitas ações foram realizadas para solucionar as discussões do processo, ações estas baseadas em análises técnicas e estudos ambientais e arqueológicos acerca do patrimônio cultural em questão.
Nesse sentido, os imóveis que estavam dentro da área de preservação da Fonte e pertenciam a um dos réus da ação foram permutados com o município de São Miguel das Missões, acabando com a pretensão de venda dos terrenos. A área de preservação foi cercada e as construções e vias públicas abertas dentro dessa área foram removidas. Por fim, o Município de São Miguel das Missões foi condenado a repor as árvores nativas em toda a área de proteção, cumprindo o Projeto de Reposição Florestal e Consolidação de Imagem Paisagística, apresentado durante a tramitação do processo. Além disso, foi determinado ao Município a destinação adequada dos esgotos provenientes das residências circunvizinhas à Fonte Missioneira, por meio da construção de fossas sépticas.